이 부분은 좀 오해가 있으신 것 같습니다.
원래 연말정산 인적공제 해줄 때 장애인이 먼저 적용되어 관련 문구가 만들어졌고  이후에 국가유공자 예우 관련 법률에 따라
국가유공자도 세법상의 장애인으로 인정하여 혜택이 확대된 개념이라 보시면 될 것 같습니다.
기본적으로 법 조문 및 관련 표나 서식 등은 별도의 시행령 개정으로 앞의 내용이 변경되거나 삭제되기 전에는
순서를 바꾸거나 하지는 않습니다.

1번이 아니고 2번이라서 얻는 불이익이 있나요?

장애인 혹은 국가유공자는 연말정산 공제가 2백만원 동일합니다.

연말정산 시스템 조회하면 알아서 되는걸 ;;; 1번 2번 따지고 있는것도 안쓰럽다...